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Directrice de Recherche (DR2) ~ INRA
UMR INRA - IRD - CIRAD - SupAgro
Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP)
Campus International de Baillarguet
CS30016 F-34988 Montferrier sur Lez cedex
France
Tél: +33 (0)4 30 63 04 35
Fax: +33 (0)4 99 62 33 45
Courriel : Carole.Kerdelhue[at]supagro.inra.fr


Vous trouverez sur cette page:

- Une description de mes principales thématiques de recherche
- La liste des projets dans lesquels j'ai été ou je suis impliquée
- La liste de mes publications scientifiques avec les pdf que vous pouvez télécharger pour votre usage personnel


Habilitations à Diriger des Recherches (HDR) de l'Université Bordeaux I, 2010
Doctorat Ecologie et Evolution, 1997, Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA-PG)
DEA, Ecologie Générale et Productions Végétales, 1994, Universités Paris VI, Paris XI, INA-PG
Ingénieur Agronome, 1994, Institut National Agronomique Paris-Grignon (INA-PG)

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THEMES DE RECHERCHE - STRUCTURATION GENETIQUE ET EVOLUTION DE POPULATIONS NATURELLES D’INSECTES FORESTIERS

- Echelle de l’aire naturelle : études de phylogéographie.

L’objectif des études de phylogéographie englobant l’ensemble de l’aire de répartition d’une ou plusieurs espèce(s) est de retracer l’histoire évolutive des taxa considérés. Cette approche permet de comprendre les forces ayant joué historiquement dans la structuration spatiale des populations et leur diversité génétique ainsi que d’identifier les contraintes écologiques et historiques (rôle de l’hôte, spécialisation, fragmentation, barrières géographiques, paléoclimat…) importantes pour chacune des espèces. Plusieurs modèles biologiques, tous associés à des Pins, sont étudiés dans ce cadre : Cochenille Matsucoccus feytaudi, Scolytes Tomicus piniperda et T. destruens (collaboration Univ. Orléans), Processionaire du pin Thaumetopoea pityocampa et T. wilkinsoni (Collaboration INRA Orléans et Univ. Padoue, Italie).

- Etude d'un cas probable de différentiation allocronique.

En biologie évolutive, les insectes phytophages sont un des modèles pour lesquels des cas de spéciation sympatrique convaincants ont été découverts et analysés. Dans l’immense majorité des cas, la spécialisation par plante-hôte est le moteur principal de la différentiation des populations, les individus se reproduisant très majoritairement avec leurs congénères ayant les mêmes préférences d’hôte. Cela amène à des formations de ‘races d’hôtes’ ou d’espèces cryptiques spécialisées au sein de ce qui était considéré comme une espèce polyphage. Une seconde cause de différentiation en sympatrie peut être un décalage accidentel du cycle biologique consécutif à une mutation, ou à une introgression après hybridation. Dans ce cas, certains adultes ‘mutants’ montrent un décalage dans le temps de leur activité reproductive sans changement d’hôte, et les flux de gènes sont brutalement stoppés avec les individus ayant maintenu un cycle biologique normal. Ce phénomène a été appelé différentiation allochronique. Si en théorie ce genre d’évolution est possible et peut mener à la spéciation sympatrique, les cas décrits restent extrêmement rares. Les décalages phénologiques observés sont souvent consécutifs à un changement d’hôte et liés aux pressions de sélection imposées par ce nouvel hôte.
Je travaille depuis 2004 en collaboration avec M. Branco et H. Santos sur un cas exceptionnel de différentiation allochronique chez la processionnaire du pin Thaumetopoea pityocampa. Nous étudions une population dont la phénologie est décalée par rapport à toutes les autres populations connues, et qui semble génétiquement isolée. Nous étudions la structuration génétique neutre et certains paramètres écologiques pour tester les scénarios évolutifs possibles. Les marqueurs génétiques nous permettent de quantifier la divergence et les éventuels flux de gènes entre cette population "mutante" (SP, pour "summer population") et la population sympatrique ayant une phénologie classique. Les études d'écologie nous ont permis de mettre en évidence de la différentiation phénotypiques entre ces deux populations. La population SP montre une meilleure tolérance aux fortes températures estivales, et des différences de traits d'histoire de vie (fécondité plus faible mais oeufs plus gros, parasitisme plus faible, écailles protégeant les oeufs plus sombres et plus triangulaires...).

- Génomique des populations chez la processionnaire du pin

Suite à la découverte de la population SP, "mutant" phénologique naturel, nous avons commencé à développer des recherches en génomique des populations visant à étudier un grand nombre de loci SNP pour caractériser les régions du génome potentiellement sous sélection, et mieux comprendre l'architecture génétique de la phénologie chez cette espèce. Nous avons développé des marqueurs RAD (Restriction-site Associated DNA) pour obtenir des SNP le long du génome et caractériser les loci sous sélection (projet GenoPheno). Nous avons récemment obtenu un génome de référence pour T. pityocampa (Projet GAPP), ce qui facilitera le développement des approches de génomique des populations. En parallèle, l'assemblage et l'annotation d'un transcriptome de référence a été réalisé et ancré sur le génome (publication soumise). Une fois les régions intéressantes du génome ciblées et annotées, nous prévoyons des approches de re-séquençage et/ou de génotypage SNP ciblés. Ces outils seront notamment utiles pour l'analyse fine de l'expansion des populations de processionnaires du pin face au réchauffement climatique en cours. Par ailleurs, ces données SNP nous ont permis d'explorer finement l'histoire démographique de la différentiation allochronique (publication soumise).

PROJETS DE RECHERCHE

PUBLICATIONS (revues de rang A)


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